Le phare d’Eckmühl a été construit à côté des phares précédents, au village de Saint-Pierre. Avant lui ont été utilisés la « Vieille tour », puis le « Phare de Penmarc’h », mis en service en 1835.

La France décide dans une loi du 3 avril 1882 de moderniser la signalisation maritime de ses côtes, notamment en procédant à l’électrification de ses phares les plus importants, dont celui de Penmarc’h. Le projet de son nouvel éclairage prévoit un faisceau à 60 mètres de hauteur. Le phare de l’époque mesure 40 mètres et une étude conduit à l’impossibilité technique de suffisamment le rehausser, condition nécessaire à l’établissement d’un éclairage portant en moyenne à 100 kilomètres. En 1890 il est donc décidé de la construction d’un nouveau phare d’une hauteur de 54,20 mètres. Le projet est considéré abouti le 6 octobre 1892, les plans et devis étant acceptés pour une somme totale de 110 000 francs.

Cependant, le 9 décembre 1892 la nouvelle d’un financement inattendu vient modifier ce projet. En effet la marquise Adélaïde-Louise d’Eckmühl de Blocqueville lègue dans son testament la somme de 300 000 francs pour la construction d’un phare. Ce phare devra se nommer « phare d’Eckmühl » en l’honneur de son père le maréchal Louis-Nicolas Davout (1770-1823), duc d’Auerstaedt, prince d’Eckmühl. Le phare sera édifié du 18 septembre 1893 au 17 octobre 1897.
Ce phare contient une base carrée de 1 m de hauteur, un soubassement carré de 9,43 m, un socle carré de 2,96 m, un corps de 32,63 m, une corniche carrée de 6,81 m, un campanile de 4 m et une lanterne de 9,50 m.

Le corps de la tour est octogonal à l’extérieur et cylindrique à l’intérieur. Ses murs sont percés de six fenêtres sur la façade est et cinq fenêtres sur la façade ouest, sur le long de laquelle courent également des câbles et sont plantées des antennes. La paroi interne est recouverte de carreaux blancs d’opaline. Il contient un escalier à vis de 272 marches.

Une dernière série de 17 marches mène à la lanterne métallique de 4 mètres de diamètre peinte en blanc à l’extérieur. Elle est chapeautée d’une coupole ceinte d’un chéneau orné de gargouilles en tête de lion et de feuilles d’acanthe, surmontée d’un piédestal qui servait à soutenir une boule métallique qui n’est plus en place. Un balcon bordé d’une rambarde métallique fait le tour de la lanterne. Celle-ci contient l’appareil optique, composé de deux lentilles de Fresnel posées au-dessus du moteur qui les fait tourner.

Le phare est directement électrifié lors de sa mise en fonctionnement en 1897. L’équipement optique est fourni par l’entreprise parisienne Sautter-Harlé et C^ie. Le phare d’Eckmühl est le premier de France à émettre de la lumière en utilisant deux optiques. Ce système permet, pour la même consommation électrique d’une seule grosse optique, d’obtenir un faisceau plus puissant et est plus économique

En 1997, les 100 ans du phare donnent lieu à de nombreuses festivités. Le phare a été inscrit au titre des monuments historiques le 26 septembre 2005 et classé le 23 mai 2011. Il est dorénavant ouvert au public moyennant une entrée payante.